● 文部科学省「学術フロンティア推進事業」に研究プロジェクト『環境変動に対する生命の●新研究棟13号館竣工●「日本物理学会秋季大会」、本学にて開催● 文部科学省「学術フロンティア推進事業」に研究プロジェクト『極限環境生物の適応進化機構の解明とその応用―ゲノム情報解読を基盤に―』を採択（2006年度～2010年度）2007 ● 文部科学省「がんプロフェッショナル養成プラン」に順天堂大学他との共同プログラム●未来分子研究センター設立●日本化学会第88春季年会、本学にて開催●理学部共通教育推進室を設置●日本物理学会第64回年次大会、本学にて開催● 文部科学省「がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン」に順天堂大学他との共同プロ●生命理学研究センター設立● 文部科学省「私立大学戦略的研究基盤形成支援事業」に研究プロジェクト『オルガネラが● 文部科学省「がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン」に順天堂大学他との共同プロ● 本学初のバイオベンチャー企業「オリシロジェノミクス」が設立● 理学部75年誌の刊行、記念式典、祝賀会の開催2002 ● 理学部生命理学科設置（現在の4学科体制）2005 ● 文部科学省「現代的教育ニーズ取組支援プログラム（現代GP）」に教育プロジェクト『理数2006 ● 文部科学省「ハイテク・リサーチ・センター整備事業」（継続）に研究プロジェクト『光・粒子2008 ● 文部科学省「私立大学戦略的研究基盤形成支援事業」に研究プロジェクト『高度な機能を2009 ● 文部科学省「私立大学戦略的研究基盤形成支援事業」に研究プロジェクト『ピコスケール2012 ● 文部科学省「私立大学戦略的研究基盤形成支援事業」に研究プロジェクト『オルガネラが2017 ● 理学研究科に「医学物理学副専攻」を設置2018 ● 科学技術振興機構（JST）「女子中高生の理系進路選択支援プログラム」に「科学の未来を創る女子中高生のチャレンジ・ラボ ～家族・先生と一緒に知ろう!!多彩な理系の未来～」が採択2020 ● 独立研究科「人工知能科学研究科」設立2024 ● 立教学院創立150周年・理学部創立75周年適応戦略』を採択（2001年度～2005年度）教育連携を通じたCBLSプログラム』を採択（2005年度～2007年度）精密計測法の新展開』を採択（2006年度～2008年度）『実践的・横断的がん生涯教育センターの創設』が選定（2007年度～2011年度）有する未来分子材料の創製』が選定（2008年度～2012年度）計測技術の開発とその基礎科学への応用』が選定（2009年度～2013年度）駆動する真核細胞システムの高度化』が選定（2012年度～2016年度）グラム『ICTと人で繋ぐがん医療維新プラン』が選定（2012年度～2016年度）駆動する真核細胞システムの高度化』が選定（2012年度～2016年度）グラム『ICTと人で繋ぐがん医療維新プラン』が選定（2012年度～2016年度）26
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